A rendszerváltozást követően a haderő jelentős átalakításon ment keresztül. A Magyar Néphadsereg megnevezést a Magyar Honvédség váltotta fel (a Honi Légierő helyét a Magyar Légierő vette át), erősödött és megszilárdult a szervezet nemzeti jellege, küldetése és feladatrendszere jelentősen megváltozott. Természetesen ez a repülőerőket sem hagyta érintetlenül. Az 1990-ben életbe léptetett Gerecse hadrend, majd az azt követő haderőreformok keretében komoly személyi és anyagi visszafejlesztések, átszervezések és átalakítások mentek végbe. Ezek egészét lényegében az egyre nagyobb realitással bíró NATO orientáció és csatlakozás, valamint az ország gazdasági helyzete motiválta.
A szervezeti átalakításokkal párhuzamosan a Néphadseregtől örökölt eszköztár fokozatos kivonása és cseréje is megkezdődött. 1993. október 15-től több lépcsőben 24 darab MiG-29B és UB vadászrepülőgép érkezett a kecskeméti 59. Szentgyörgyi Dezső Harcászati Repülőezredhez. Az orosz államadósság terhére beszerzett harceszközök 2010. december 29-ig kivonásukig oltalmazták a magyar légteret. 1994. április 20-án szintén Kecskeméten landolt a Németország által az NDK hagyatékából átadott 20 darab Avia L-39ZO Albatros kiképző repülőgép közül az első. A típus utolsó 8 példányát 2009. november 25-én vonták ki a rendszerből. Szintén Németországból érkezett 1995-ben 14 darab Mil Mi-24D és 6 darab P típusú harcihelikopter, ez utóbbiak 2019 óta ismét aktív szolgálatot látnak el. 1997-ben, a 31. Kapos Harcászati Repülőezred megszüntetésével egy időben kerültek kivonásra a MiG-23 és a Szu-22 típusú vadász-, illetve vadászbombázó repülőgépek.
![]()
Az ország 1999. március 12-ben a NATO (Észak-atlanti Szerződés Szervezete) teljes jogú tagjává vált, miáltal a Magyar Honvédségnek is megújult feladatokkal és globális kihívásokkal kellett szembenéznie. A fejlesztések is ennek jegyében folytatódtak. 2000-ben kivonásra kerültek a Pápán még szolgálatban álló utolsó MiG-21bisz és UM típusú vadászrepülőgépek (2001-ben a 47. Harcászati Repülőezred is megszűnt), ám eközben már zajlott a közvetlen NATO parancsnokság alá kerülő légtérvédelmi erők infrastrukturális és műszaki integrációja. Ezek leglátványosabb elemei a Békéscsabán, Bánkúton és Medinán működő háromdimenziós radarok. Szintén 2000-ben jelent meg a korszerű harci repülőgépek beszerzésére vonatkozó pályázat, melynek révén 2006. március 21-én megérkeztek az MH 59. Szentgyörgyi Dezső Bázisrepülőtér betonjára az első SAAB JAS-39 EBS HU vadászrepülőgépek, melyek azóta is ellátják a magyar légtér védelmét. Szintén Kecskeméten állomásoznak a még üzemben lévő An-26-os, valamint a közelmúltban beszerzett új szállító repülőgépek (Airbus A319, Dassault Falcon 7X).
2004. augusztus 1-jével a Magyar Honvédség üzemben lévő harci és szállítóhelikoptereit Szolnokra telepítették. A forgószárnyasok jelenleg is a jogelődjei személyi és anyagi bázisán 2007. március 1-jén létrejövő MH 86. Szolnok Helikopter Bázis kötelékében szolgálnak. A gépállományt Mi-8, Mi-17N, Mi-24V és P, AS-350B típusú helikopterek jelentik, melyekhez nemrégiben csatlakoztak az újonnan beszerzett Airbus H145M többcélú társaik. Szintén Szolnokon állomásoznak a pilóták oktatását szolgáló Zlin-242L és 143LSi típusú kiképző repülőgépek.
2009. július 27-én kezdte meg működését az MH Pápa Bázisrepülőtéren állomásozó, 3 darab magyar felségjelű C-17 Globemaster III típusú repülőgépet üzemeltető Nehéz Légiszállító Ezred. Az alakulat a Stratégiai Légiszállítási Képesség-program keretében, nemzetközi személyi állománnyal látja el feladatait.
A légierő 2007. január 1-jétől az MH Összhaderőnemi Parancsnokság, 2019. január 1-jétől a Magyar Honvédség Parancsnoksága alárendeltségében látja el hazai és külhoni (szlovén légtér állandó és a balti légtér váltásokban történő ellenőrzése) feladatait. Szervezetéhez a fent említett három bázison kívül az MH 12. Arrabona Légvédelmi Rakétaezred, az MH 54. Veszprém Radarezred és az MH Légi Vezetési és Irányítási Központ tartozik.
